Il faut remonter à 1975 pour retrouver les premières traces d’une francophonie qui cherche à s’articuler à Iqaluit. Ce n’est pourtant qu’en 1981 que l’Association voit officiellement le jour. Les demandeurs de l’époque sont Arthur Brière, Paul-Ernest Plante et Céline Lachance. Cette dernière deviendra la toute première présidente de l’Association des francophones de Frobisher Bay (AFFB).

En 1987, alors que le conseil municipal votait en faveur de l’adoption du nom d’Iqaluit pour la municipalité, l’Association emboîtait le pas et changeait son nom pour l’Association francophone d’Iqaluit. Elle devint du même souffle membre de la Fédération Franco-TéNoise, qui regroupait alors les associations francophones de Hay River, de Fort Smith, de Yellowknife et d’Iqaluit.

En avril 1999, lorsque le Nunavut est devenu un territoire indépendant, l’Association changea de nouveau son nom. Elle devint alors l’Association des francophones du Nunavut, élargissant du coup son mandat régional à un mandat territorial. Aujourd’hui, l’Association représente tous les francophones du territoire du Nunavut et travaille à augmenter la qualité et la disponibilité des services en français. Elle veille également à ce que les lois sur les langues officielles soient appliquées et les droits des francophones respectés.